وبحسب القرار، فإن المادة الحادية عشرة أشارت إلى ضبط المخالفات وإيقاع العقوبات، ونصت على: يتم ضبط مخالفات أحكام هذه اللائحة وإيقاع العقوبات، مع مراعاة الآتي:
1- تمثل الغرامات المنصوص عليها بالجدول (المرفق أسفل النص) الحدود القصوى لها، ويقوم المركز بتحديد مبلغ الغرامة وفقاً لطبيعة كل مخالفة وجسامتها والظروف المشددة والمخففة لها.
2- تقدر قيمة غرامة المخالفات الجسيمة وفقاً لدرجة الضرر والحساسية والأهمية الطبيعية للموقع المتضرر ومساحته ونوع المستقبلات المتضررة والآثار الاقتصادية والاجتماعية المترتبة على ذلك الضرر.
3- يكون تقدير غرامة المخالفات الجسيمة المذكورة في البند (1) من هذه المادة من خلال لجنة تُشكَّل من المختصين والمؤهلين بقرار من الرئيس التنفيذي للمركز.